Para modificar a tu antojo el theme de virtuemart 2 se emplea la tecnica templates overrides . Pero tambien puedes modificarlo directamente desde los estilos del theme del componente, si no te quieres complicar la vida.
El archivo de estilos llamado vmsite-ltr.css lo tienes en /components/com_virtuemart/assets/css/.
La clase del boton de añadir al carro es addtocart-button. Emplea un editor tipo Notepad ++ para editar el arcivo y buscar la clase para cambiar los colores del boton y tambien esta relacionado con la imagen backgrounds.png en /components/com_virtuemart/assets/images/vmgeneral.
Ve probando a ver que tal.