Debe de estar relacionado con la cache. En alguna ocasion me he topado con frameworks templates de joomla que NO muestran los cambios hasta que no limpias la cache. Creo recordar que era de joomlart y su framework JA-T3, que inlcuye un enlace rapido debajo del menu superior de la administración para limpiar la cache del mismo de forma rapida. A ver si va por ahi.