A ti por las aclaraciones y si, virtuemart tiene historicamente muchos problemas con las URLs amigables. Lo que comentan sobre el no uso de las mismas, si, es un punto pero por la amigabilidad aunque solo sea para el usuario que las visita es recomendable su uso, si bien no desde extensiones como joomsef, que te cargan la tabla de urls a tope, pero si haciendo modificaciones en los archivos router.php que contienen la mayoria de componentes joomla.
Aqui te dejo el post del admin de esta web que publico el archivo router.php modificado para virtuemart y parece ser que el que lo ha probado esta encantado > http://paramiweb.com/foro/componentes/uso-del-archivo-router.php-para-sef-urls-amigables-en-virtuemart.html#20742