Vamos por partes. Te respondere de momento a la primera pregunta. Las aplicaciones de Jomsocial son plugins especificos para este componente. Se instalan como cualquier plugin. Desde el menu de addministracion en Componentes / Jomsocial / Aplicaciones se configuran y publican. Cada aplicacion dispone de unos parametros, uno de ellos y que es general para todos los plugins o aplicaciones es si pertenece al core de jomsocial o bien el usuario es quien debera incluirlo en su perfil o no. En “Parámetros del plugin” en “Core Application” eliges SI y aparecera en todos los perfiles de tus usuarios. Si le dices que NO sera el usuario que disponga desde la administracion de su perfil para incluirlo o no. Siempre que antes lo hayas publicado.
Segun que aplicacion dispondra de una configuracion o no. Por ejemplo, la aplicacion de Google maps si debe ser configurada, primero por el admin introduciendo la API de Google Maps para su web, luego cada usuario desde el menu de su perfil de Jomsocial en Aplicaciones / Mis aplicaciones tendra dos listas de aplicaciones que son las basicas (las que activarias de forma general para todos los usuarios) incluidas en el core de Jomsocial y luego Sus aplicaciones instaladas y en esa lista en distintas columnas es donde podra configurar y decidir el nivel de privacidad de las mismas.
Espero que con esto te sea mas claro. Ponte a mirar ese asunto y cuando lo tengas controlado pasamos a la siguiente pregunta.